从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人,在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后,怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死,现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
经过艰苦的激战,汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋,随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面,宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天(Frank Welker 配音),对他的力量进行升级,以期消灭普神,创造混沌纪元。拥有光速的威震天,气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时,大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作,一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时,两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落,拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动,为祸四方。 赛博坦黎明的前夕,和平远远未曾到来,最可怕的远古军团即将复活……