艾伦为了毁灭世界,发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻,摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克,以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦,展开了最后的战斗。
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程!千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相!为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!