為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
热爱冒险的14岁少年翔锋，在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场，在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞，遇到一个被水晶封印的神秘少女，并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心，被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣，翔锋念出咒语唤醒星球的意志，意志能量附着在一辆废弃的跑车上，变形成为红色的机器人——烈空焰，轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个，它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任，他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士，一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
今晚，他也在召唤出牙狼铠甲，斩杀食人魔兽霍拉。 这时，魔戒法师「古由利」（Koyori）出现了。 她告诉流牙一个危及世界的紧急状况，想要获得黄金骑士的帮助。 “破灭之门即将开启” 破灭之门被认为是霍拉最早出现在人类世界的大门。 不知为何，据说它即将再次开启。 在古由利的带领下，流牙来到了大门所在的城市克莱阿城。 在这座城市里，蔓延着“破灭之门”泄露出的黑暗气息。 流牙感觉到了邪气，并立即与霍拉交战。 激战中，一名神秘的魔戒骑士突然出现。 他就是身披“钢”铠甲的「白羽创磨」。 作为无名骑士“钢”猎杀霍拉的创磨，他的宿命是什么！？ 流牙能否阻止“破灭之门”的开启！？ 现在，一个逼近守护者的起源的气壮山河的故事拉开帷幕。
