上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
日本殖民朝鲜时期,日本将军之孙长谷川辰雄(小田切让 Jô Odagiri 饰)与贫贱子弟金俊植(张东健 Dong -gun Jang 饰)竞逐长跑,直至奥运选拔。尽管俊植涉险夺冠,却被诬陷违规。愤愤不平的民众与军方发生冲突,最终俊植被充军。他和兄弟们屡遭日军凌辱。一次野战,俊植意外俘获了专门射杀日军的狙击手斯莱(范冰冰 饰)。上将辰雄来前线督战,令俊植受辱。他每晚坚持长跑,却被烧了跑鞋。他不愿做敢死队,索性集体出逃。俊植看到苏军压境,决定跑回送信。结果,日军惨败,辰雄和俊植被俘。冰天雪地,俊植见到了此前出逃的兄弟众泰,但后者已成冷血。一次骚乱之后,俊植和辰雄角斗,结果俊植宽容了对手。此后,德军疯狂反扑,俊植和辰雄在敢死队同历生死。他们为了逃命,同甘共苦,翻山越岭,来到德军占领地。两人失散,再见竟是诺曼底的德军阵营,辰雄再次见到了那个奔跑着的身影……