快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？ 启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？
超级飞侠第五季整体的基调充满活力与正能量。在延续前四季故事模式优点的同时，第五季还增添了以小爱、多多、米莉、包警长、小青为主的五个飞侠团队的新元素。本动画片故事内容以单元剧为主，在每一集中，拟人化飞机主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为小朋友们递送他们所需要的包裹，因此观众们将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠团队运用各自团队的过人能力，帮助小朋友们解决困难。同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、当地有名的美食、名人趣事以及有趣的风俗习惯等。通过这部动画片，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
