全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标! 冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼
地球附近的一个异空间中有一个酷宝王国,酷宝以人类情绪波动时散发的情感核能为食物。情感核能分两种,开心、欢乐时产生的情感核被称为七彩元动能,相反悲伤、痛苦产生的是黑色邪动能。女魔头阿酷波斯,率领叛军企图推翻酷宝国王的统治,并通过时光机逃到了20年前的人类世界,企图影响未来人类世界的快乐领袖——司徒乐的成长,让他容易产生邪恶的念头和情感,为阿酷波斯提供庞大的黑色邪动能,征服酷宝王国。酷宝国王得知阿酷波斯的计划,便派小宝前往过去的人类世界保护幼年的司徒乐。
800年前的王复活了,他带领贪欲者们在世界各地大肆破坏。火野映司为了保护人类,变身成假面骑士欧兹和王进行了激烈的战斗。然而,他为了保护一名小女孩,被王所伤,在最后一刻,他许下了愿望,希望他的好伙伴安库能复活。 成功复活的安库处在一头雾水中,他找到了比奈等人,并和比奈一起找到了映司。然而在他们面前的并不是真正的火野映司,而是新的贪欲者豪达,他附身在了映司的身上。豪达提出要求,希望能和安库联手一起去打败古代欧兹。 在众人的努力下,800年前的王终于被打倒了,但一切并没有结束。想要获得强大力量的豪达吞噬了所有的核心硬币,并准备对付安库等人。安库附身到了映司身上,他们一起变身成假面骑士打败了豪达,世界因此恢复了平静。