為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年,官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project(高畫質再製企劃)」,畫面尺寸比將從原先的4:3升級為16:9寬螢幕,線性PCM音源化,部分音樂採用混音版,局部畫面的替換和修正,各特效與背景的處理變更,並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片,再編輯為全48話,收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化,本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送,TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
大三学生叶不凡,为了给母亲筹集医药费碰瓷,不料遇到不按套路出牌的女司机,被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境,获得了古医门的传承,从此精通医术、修炼功法,获得无数美女青睐。
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁,为寻改命之法,前往神都参加大朝试,却因与真凤徐有容的一纸婚约,遭受打压,被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏,开启修行逆袭之旅,青藤宴废天海牙儿,未央宫胜神国七律,更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试,夺得首榜首名,却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生,在天书陵见证一代传奇荀梅陨落,激励他继续前行,在周园与魔族的战斗中,遇见乔装而来的徐有容,二人一路生死相依,联手挫败魔族阴谋,彼此相爱,却因周园崩塌分离。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。