在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
故事发生在民国初年，帮会话事人苏飞（黄浩然 饰）遇见了唐家的宋礼和（陈锦鸿 饰），唯利是图的他想要通过宋礼和和唐家攀上关系，哪知道宋礼和不过是一介无名小卒，真正的权利掌握在唐家大小姐唐雅媛（郭羡妮 饰）的手中。 为了支持家业，唐雅媛奉献了自己的一生，更惯坏了妹妹唐雅文（林夏薇 饰），使得唐雅文个性娇蛮放纵。唐雅文对姐姐时时管教着自己感到十分不满，为了气姐姐，她成日里和苏飞鬼混在一起，不务正业。广州市长王继饶（罗乐林 饰）中枪手上，而被选择他的继位人的，竟然是宋礼和。市长就职大典在即，整个城市在一片平静祥和的表象之下早已经暗涛汹涌。
