新学期刚开始,高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天,他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火,并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节,然而就在同一时间,一名少女出现在他面前。 少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击,开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢,不料少女却如此低喃:“你已经不存在了。” 我已经死了?存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
在不远的未来,地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫,它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船,携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时,也给人类带来了先进的基因技术,人类由此进入了一个全新的时代。 然而,邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙,妄图统治人类世界,英勇的X26小队再次出战,通过激烈的战斗,最终将邪恶组织消灭。可是,变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后,恐龙已经占据了地球绝大地方,人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人,在寻求自身命运的同时,发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。