在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
「听好了，康斯坦丝．葛莱尔。妳就算花费一生时间，也必须让我的复仇成功！」 只有诚实勉强算是优点的平凡子爵千金康妮，在某一次宴会上被抢走未婚夫，还被诬陷是窃盗犯，因而陷入走投无路的绝境。 就在这种情况下，10年前被处刑的绝代恶女史嘉蕾．卡斯提奥的亡灵出现在她眼前！过去曾经以其绝世美貌、高贵血统，以及压倒性的出众气质而被赞誉为社交界至宝的史嘉蕾，附身在康妮身上之后没两三下子就逆转局势，让康妮得以逃出险境。但是，康妮须要付出的代价，却是帮忙史嘉蕾复仇！？ 刚开始是因为利害一致而合作的两人，在不断击溃贵族社会各种暗中恶意和阴谋的过程中建立了情谊，成长为真正的搭档，最后踏上跟过去一直持续至今的巨大阴谋针锋相对的道路……！
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。
これまでのクエストへの慰労として、真人たち一行は白瀬の招待でリゾートビーチにやって来た。水着姿で早速遊び始める一同。 もっとも真人だけは「母親と一緒に海水浴」を素直に楽しめない。そんな中、ひょんなはずみで、真人は頭を打って記憶喪失に！ 自分のことを「大事な人」と言う真々子を「美人のお姉さん」と認識し惹かれていく真人は、真々子の願いを次々と叶えてあげようとする。 その様子をしばらく見守っていたワイズやメディだったが、真人はこのゲームでの冒険に興味を失ってしまうマズイ状況に。 果たして記憶は戻るのか？
