沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
大一新生周小安戴上一枚来历不明的古代戒指，旋即一个恐怖的魔人从他口中跃出，他的命运也因此而发生了改变。 一段人类历史上的惊天秘密在他眼前缓慢揭开——自称是商王帝辛的血魔人；以人心为食物的不死尸族；自称与尸族为敌却同样可疑的天虚宫道人；充满奇异怪物却可能隐藏着人类诞生起源之谜的神迹；身上有诡异图案的神秘不死少女江玄燕……
今晚，他也在召唤出牙狼铠甲，斩杀食人魔兽霍拉。 这时，魔戒法师「古由利」（Koyori）出现了。 她告诉流牙一个危及世界的紧急状况，想要获得黄金骑士的帮助。 “破灭之门即将开启” 破灭之门被认为是霍拉最早出现在人类世界的大门。 不知为何，据说它即将再次开启。 在古由利的带领下，流牙来到了大门所在的城市克莱阿城。 在这座城市里，蔓延着“破灭之门”泄露出的黑暗气息。 流牙感觉到了邪气，并立即与霍拉交战。 激战中，一名神秘的魔戒骑士突然出现。 他就是身披“钢”铠甲的「白羽创磨」。 作为无名骑士“钢”猎杀霍拉的创磨，他的宿命是什么！？ 流牙能否阻止“破灭之门”的开启！？ 现在，一个逼近守护者的起源的气壮山河的故事拉开帷幕。
