故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
夜幕下的Swing Swing监狱，原本寂静无声的院落，突然因为囚徒大坏狼的逃脱而变得无比喧嚣。为了抓住这个越狱分子，监狱放出数十条猎犬前去追捕。走在最后的是懒洋洋的德鲁比，他仿佛比整个世界都慢了一拍，缓缓地在街头移动。期间他经过消防栓，在众目睽睽之下方便了一番，随后又和其他的狗狗交换了情报。曾经有一度德鲁比无比接近大坏狼的藏身地点，但是还是被这个家伙逃掉了。大坏狼趁机逃到某处公寓，谁曾想德鲁比居然先期等在这里。 没人能够想到，刚才还慢吞吞的德鲁比，突然间变得如同超人一般神速。任凭大坏狼跑到天涯海角，他总是漫不经心地出现在对方身边……
