上世纪八十年代，马丁（霍建华 饰）和三个亲如兄弟的小伙伴在北京的胡同里一起长大。在高中毕业前夕，一场由马丁引发的变故使他和兄弟三人分崩离析。青春落幕，马丁远走国外，自此销声匿迹。多年以后，已经成为上市公司副总的马丁突患脑瘤，孑然一身的他准备平静地迎接死亡，心底却隐隐有一种羁绊，让他无法割舍。马丁想在离世之前解开宿怨，重拾友情。人到中年的兄弟四人携手创业，每个人的生活都在发生着改变，旧时友情在彼此心中慢慢复苏，马丁也重燃生活的希望。
1987年秋天，裂缝开启让霍金斯小镇伤痕累累，主角群团结起来，只为一个目标：找到威可那并杀掉他。但威可那彻底消失，他的行踪和计划皆成谜。更麻烦的是，政府将整个小镇列为军事隔离区，更加强搜捕伊莱雯，迫使她必须再度藏身。威尔失踪将届周年之际，再熟悉不过的恐惧感排山倒海袭来。最终战役将至，这次他们要面对的黑暗力量，比以往更强大而致命。为了彻底终结这场恶梦，必须凝聚所有人的力量，最后一搏。
马云飞和高寒婚礼的当天，来了一个不速之客——“五号特工组”的老朋友老于，恳请他们再次出山，执行一项别人无法完成的任务：追查盗窃美国核武器资料的双料间谍吉川猛夫。为此，高寒做了落跑新娘，跟随欧阳剑平和李智博赶赴云南接受任务，马云飞和何坚也被迫出山，于是“五号特工组”五位成员：语言专家欧阳剑平、爆破专家李智博、特工马云飞、密码专家高寒、“神偷”何坚再次集结上了前线。同时，日本方面派出了他们的杀手锏，酒井朝香——她是酒井美惠子的亲妹妹，一个手腕更加毒辣凶狠的高级女间谍。 “五号特工组”出师不利，被吉川猛夫还没有暴露的同伙陷害入狱，五号无奈之下集体越狱……一面躲避美军的追捕，一面追击吉川猛夫，最终揪出了美军内部的叛徒，抢在酒井朝香之前找到了失窃的核武器资料。 战事愈演愈烈，前方战场的士兵出现了大规模病毒感染，五号特工组受命调查，路上和这场病毒站的祸首桥本失之交臂。桥本还是个视科学试验高于一切的科学怪人，他给高寒注射了病毒，把她当试验品绑架走，一路细心的保护研究。马云飞、李智博、何坚深入滇缅边境，经过艰难的丛林追击战，摸到了敌人在缅甸境内的生化基地。此时，高寒为了拿到病毒血清，街救前线的大批战士，也差点献出了生命。 战事紧急，正面战场物资短缺。蒋介石盯上了阎锡山早年私藏的军火，阎锡山以军火库建造者李阳失踪为由，不为蒋介石提供军需。戴笠不得不再次求助于五号特工组，让马云飞四人潜入山西，寻找军火库建造者李阳的下落。五号特工组利用日军司令风间义博嗜爱中国画的喜好，窃得蒋介石家里的古代名画为诱饵，钓了风间义博上钩。籍由卖画，深入风间义博居住的司令部，趁机偷拍日军晋中会战战斗记录和花名册，此时酒井也来了，马云飞巧妙周旋，在被识破的前夕，顺利逃出日军司令部。五号按图索骥，马云飞、何坚通过假招供的手段，进入康坑归化监狱。俩人费尽周折，终于取得了监狱里犯人领袖朱非的信任，协助他越狱。朱非行动失败，临死前告诉马云飞，自己就是李阳，五号终于抢在日本人之前找到军火库。 五号特工组带着宋美龄心爱的国画回到重庆，准备完璧归赵，一下飞机就碰到了来华援助的美国飞虎队队长陈纳德在机场遇袭。五号特工组没来得及脱身，被老于和戴笠堵在了门口。五号从重庆机场枪击现场查起，利用物理、枪械等知识，依靠心理学和推理演绎等手段，从极为有限的线索中还原了枪击现场，并沿着蛛丝马迹，彻底瓦解了日本人了刺杀阴谋。揭开真相后，马云飞等人奉命保护陈纳德来重庆；陈纳德夫人为了确保陈纳德安全，还请来了美国的安全顾问罗特。罗特到达后，对马云飞等人的行动多有指责，而层出不穷的意外，也让五号特工组屡屡陷入被动。马云飞等人几经周折，发现一切事件的真凶，是安全顾问罗特造成的——这家伙是个冒牌货。 五号特工组接到中国远征军孙立人将军的邀请，送一份重要的河道图去缅甸，和他们通行的还有随行记者崔媛媛，马云飞的老同学，高寒为此吃醋不已。他们都不知道此时的崔媛媛其实是易容后的酒井朝香，酒井杀害并冒充崔媛媛跟着五号的目的是混入远征军基地，配合日本轰炸机实施轰炸。只有高寒一个人识破了崔媛媛的面目，其他人却都认为她是在吃醋起疑，不相信她的话。当大家一个个被易容的酒井送进陷阱，指引日本轰炸机的篝火即将被点燃的时候，离队许久的欧阳剑平带着陈纳德的救援赶到。酒井朝香重蹈了她姐姐的命运，五号特工组又一次团聚，高寒和马云飞这一对恋人却成为了陌路。
许忠信（万梓良 饰）和洛素珊（林其欣 饰）原本过着平静的生活，但在面对九七问题时，忠信不得不独自前往澳洲。在异国他乡，他结识了大陆青年向东（吴镇宇 饰），两人在生疏环境中成为了亲密的朋友。然而，由于一些意外，向东被押回港，而忠信回港后发现妻子与前度男友复燃旧情，夫妻陷入感情危机。 与此同时，安靖和许忠诚因纠纷认识，但受感情阴影影响只能保持朋友关系。另一方面，向东为了谋取表姨妈谢西西的绿卡而欺骗她，搞笑情节不断发生。同时，侯世杰为了复仇，以为忠信主使，决心雪此辱。这一系列错综复杂的感情纠葛和喜剧元素共同构成了这个生动的故事。
