在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
（aya@追新番原创翻译 转载请注明出处）在住宅区的角落里，为赖英介（西岛秀俊）经营了一家小小的诊所。他有一种特殊的能力，能够光从外表就看出患者所患疾病。这看似是非常了不起的能力，但是为赖连无法救治的疾病也能看出来。因此，为赖从在他看来是做无用功的医疗前线抽身而退。用这精炼的诊断之眼，为赖甚至能看到罪犯特有的犯因症。 为赖的姐姐井上和枝（浅田美代子）是诊所的护士，和她一起走在路上的时候，为赖为能看到路人的病症而痛苦。因为告诉重病的人他的病情，反而还会被怀疑别有居心。就在为赖和和枝分道之后，发现了一个显露出犯因症的男人。为赖看见那个男人向和枝走的方向去了，于是报警之后自己也跟了上去。将危险告知和枝后为赖疏导周围的人去了安全的店，那个男人就开始动粗。为赖迅速开始为受伤的人进行诊治。这时，接到报告的早濑顺一郎（伊藤淳史）警官抵达现场后向男子开枪，控制了局面。 因事件受伤的人被送往了白神阳儿（伊藤英明）经营的诊所。白神听急救人员说了现场的情况，对为赖也有了兴趣。白神开始对伤员进行手术，然而不知道为什么竟然允许负责扫除的井原前来参观手术。 在现场调查的早濑得知为赖在案发前就报警了。为什么为赖能在事件发生前就知道呢？早濑对此满怀兴趣……
20XX年，为了应对日趋恶化的少年犯罪现状，日本对少年法予以修订，新法规出台并允许民间企业经营少年监狱。其中有一间收容所对囚犯没有任何的限定，它被人称作“HOPE监狱”，更凭借“马路须加监狱”的名号广为人知。某天，美丽而叛逆的少女Paru（岛崎遥香 饰）因杀人罪被关入这里，并结识了依靠门路从外界带东西的Peace（木崎由里亚 饰）。适值此时，马路须加内专横跋扈的恶女（大场美奈 饰）所率领的毒蛇组和冷酷女子杏仁（入山杏奈 饰）统治的猫鼬队抗争不断，Paru的到来无疑打破了长久以来的平衡。 她率先与毒蛇组发生抗争，而接下来连绵不绝的恶战将充斥着马路须加监狱的每一个角落……
