仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン（Hobby JAPAN）出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ（すずきあきら）【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
