故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上,处女守(井泽美香子 配音)被送往了这座小岛之上,却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击,在生死攸关的紧要关头,一位名叫敷岛魅零(井口裕香 配音)的金发美少女登场,然而,敌人实在太过于强大,就算是魅零也渐渐感到力不从心,就在这节骨眼上,魅零竟然吻了守,让守不敢相信的是,自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器,两人合作战胜了敌人。 原来,在岛上还生活着许许多多和守一样的人,个性大大咧咧的守财奴樱美凤(久保由利香 配音)、英俊潇洒的柊晶(芳野由奈 配音)、我行我素不受管制的莲实玲音(大西沙织 配音)等人,他们的共同目标只有一个,就是离开这座岛屿。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。