鸣海孝之(谷山纪章 配音)、平慎二(青木城 配音)和速濑水月(石桥朋子 配音)是学生时代的好友,毕业在即,三人亦即将奔向不同的未来。某日,鸣海孝之结识了名叫凉宫遥(栗林美奈实 配音)的少女,在速濑水月的牵线搭桥下,鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实,水月一直暗暗的喜欢着孝之,在生日当天,她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之,希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而,当孝之告别水月来到约会地点时,等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后,凉宫遥从昏迷中苏醒了,可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天,殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标! 冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼