《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン(Hobby JAPAN)出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ(すずきあきら)【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本,此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结,但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗,学生会执行部称其为“丰臣狩猎”,并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力,但他却对执行部的镇压行动抱有疑问,为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上,宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后,突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者,从此之后,就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
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1998年夏季,拥有预测型未来视的女孩濑尾静音(井口裕香 配音)邂逅伽蓝之堂的黑桐干也(铃村健一 配音)。从对方口中,她了解到未来视的真相,心中的疑惑和焦虑也烟消云散,但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面,拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏,利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件,直到他遭遇冷静干练的两仪式(坂本真绫 配音),命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年,失去了未来视能力的瓶仓光瑠(石田彰 配音)转行做了绘本画家,命运安排他和两仪式及其女儿未那(金元寿子 配音)相逢,此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母……本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
原创篇章,讲述打倒亨德里克森后的短暂和平生活。