在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕…… 本片根据谏山创的同名原作改编。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
十七岁的桐山零（河西健吾 配音）是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里（茅野爱衣 配音）、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向（花泽香菜 配音）和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃（久野美咲 配音）。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信（冈本信彦 配音）、三角龙雪（杉田智和 配音）和松本一砂（本村昂 配音）等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
在兔子洞里，灵兔白妮看到时间之窗一个接一个地消失... 未来正在消逝，到底发生了什么？ 同时，马丽娜在家中醒来，发现有人利用奇迹少女与黑猫罗尔的米可幻奇许了愿。 很快，她意识到自己需要变身成奇迹少女……但她发现自己的耳环不见了！ 幸运的是，灵兔白妮在愿望消除一切之前赶来救了她。为了一起拯救未来，灵兔白妮和马丽娜必须找出是谁发现马丽娜就是奇迹少女，以及这个人是何时、如何偷走她的米可幻奇的。 马丽娜意识到蝴蝶米可幻奇现在有了新主人，一切希望似乎都消失了。只有一个人能拯救巴黎和世界，那就是奇迹少女自己。
