沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。 另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。 2年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……
奇师戏影策兵涛，逐浪祸海乱天道； 镜域侠武决干戈，龙首风痕会英豪。 儒门天下，镇门宝剑惊生变故，特聘剑师却受困于一处与元河天藏息息相关之地。只见熟悉的无双风华再现，为儒门天下安危，儒门龙首．疏楼龙宿再渡红尘，更将揭开不为人知的过往。 绝代剑者、冷傲超尘，隐居多时的风之痕师徒为何再现武林？离人公子会见故人复朝伊，两人之间的契约牵涉何等内容？邪帝绝式惊现江湖，伴随意外的虎形身影，白城舆身上有何变故？奇异女子金缕凤衣．灵悉潮又对他有何意图？ 异土镜界，流传天旨：羽剑竞暝刀，胜者号令定天下。境内四族，木族、兽族、金石族与人族主持的偃武三千楼、不秋阁，争抢灵脉，征战未曾休止。镜界高人梅林之主．知北游更力战作恶多端的奇迹影法师，双双重创；直至横空入世的木族龙君．森墨君策局，方得平息。但如今，元河天藏回归，异界外人接连来至，一切将风云变色！ 暗处黑宫，奇诡的皮影戏，上演着一出死讣预告，奇迹影法师、云渊御辩．复朝伊，紧觑刀剑之争，策动蓝图计划，他们究竟有何图谋？暗潮下，神秘的泉先海族伏伺已久，将掀汹涌巨浪！ 异域风云，阴谋暗生，暝刀羽剑，兵涛劫祸； 奇人策戏，镜界鏖兵，海族恶魔，群谱挽歌； 儒首魔剑，龙君知者，纷纷侠踪，谁定天道？
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
