全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
开学第一天，普通高中生五河士道（岛崎信长 配音）如常来到学校，不料遭遇了突如其来的“空间震”现象。同学们纷纷躲进避难所，士道想起与妹妹（竹达彩奈 配音）的约定，他不顾危险跑到街道上，却遇到一个穿着盔甲手持大剑的神秘美少女（井上麻里奈 配音）。美少女正要攻击他时，同班同学鸢一折纸（富樫美铃 配音）率领着AST部队，与她展开了激烈的战斗。随后士道被带入空中舰艇，他惊讶地发现司令官竟然是自己的妹妹！他还得知那名少女是“精灵”，一直以来困扰着人类世界的空间震现象，正是这种精灵造成的。 要对付精灵，除了出动部队赶尽杀绝以外，还有另外一种方法，而这种方法只能依靠士道。那就是与精灵约会，感化她，让她爱上这个世界，爱上人类。平凡少年五河士道，能不能攻略这个绝美精灵少女？
