故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
五河士道（岛崎信长 配音）是一位平凡的高中生，一次偶然之中，他邂逅了名为十香（井上麻里奈 配音）的精灵。精灵是来自于异世界的物种，虽然有着足以迷惑人类的可爱外表，却亦拥有着能够毁灭世界的可怕能力。 然而，精灵有着一个十分巨大的弱点，那就是害怕被他人讨厌，因此只要同她们约会，就能轻易的击败这群强大的种族。而士道则恰恰拥有这一关系到人类命运的能力，于是，士道置自己的性命于危险之中，开始了和十香等精灵们的约会。与此同时，一群想要将精灵除之而后快的危险分子亦在暗中接近着士道，而精灵们的存在，使得一个关乎到世界存亡与否的秘密渐渐浮出水面。
（僧侣档） 请和我以生孩子为前提结婚吧！参加相亲派对的大河在会场邂逅了渴望孩子的医生绚乃，并与她一拍即合。但就在这对情侣即将修成正果的关键时刻，大河想起曾因 ED 被甩的往事，落荒而逃，后来去治疗 ED 时，主治医生竟然是绚乃！？而且，大河的那个东西只对她展现出活力十足的反应——这是关于两人缔结“奉子成婚的秘密契约”后发生的故事。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
