作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平,以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开,虽然萌绘并不是犀川研究室的成员,但参与了该研究室此次的研讨旅行,地点定在了妃真加岛。随后,在萌绘的提议下,犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所,然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机,之后又连续发生杀人事件,被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……
本剧描写成龙和他11岁的侄女小玉历险于世界各地的故事。在片中,成龙的职责是赶在黑帮之前找到12个魔力符咒。在寻找符咒的过程中,成龙意外发现每个符咒都代表着中国的十二生肖之一,每个符咒又都能赋予持有者一种独特且神秘的力量,它们一旦被黑帮联合起来,就会释放出“终极黑暗”,成为淆乱整个社会的元凶。
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后,满以为有所起色,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开迷题
击败青城晋级决赛的乌野,白鸟泽成为他们的下一个对手。