「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義体化した少女・七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武装のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方もない新生活だった。
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沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
