故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。
十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。 十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。