沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
大千世界，无奇不有。 骊珠洞天中本该有大气运的贫寒少年，因为本命瓷碎裂的缘故，使得机缘临身却难以捉住。基于此，众多大佬纷纷以少年为焦点进行布局，使得少年身边的朋友获得大机缘，而少年却置身风口浪尖之上…
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
