《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン(Hobby JAPAN)出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ(すずきあきら)【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本,此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结,但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗,学生会执行部称其为“丰臣狩猎”,并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力,但他却对执行部的镇压行动抱有疑问,为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上,宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后,突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者,从此之后,就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
千万年来,古老而神秘的龙族在中土大陆繁衍生息。然而,神界的光魂与暗魂之争,也将龙族牵连其中。龙族陷入残酷的内乱,甚至面临灭族之危。绝望时刻,出走已久的东海王子敖雪强势归来,欲解救龙族于危难之中。
以主人公安久为轴,描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类,借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题,终于迎来了和平的理想乡。然而,作为皇国第一皇女的安久丽莎,却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵,并被派遣到偏僻的岛屿上,同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”,共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是,少女的不屈物语就此开始了……