自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
4000年前,出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离,两人结伴游荡荒原,入商队、遭异兽、遇天劫,属于少年的冒险正在展开。在他们的身后,王朝交替、山雨欲来,夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动,那些天赋异禀的少年,早已身在局中。
“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。