端木（许峰 饰）灵灵（曹曦月 饰）在探案过程中，发现了被宇宙病毒附体的暴恶兽人-欧克瑟亲王拉姆达（李宏磊 饰） 和符艾（龙女 饰），二亲王轻易占领关押着丧犬病毒感染者的U.C.P控制所，并使众多感染者再次成为欧克瑟，妄图组建欧克瑟大军，危害社会。U.C.P控制局派出卫队进攻控制所却屡受败绩，关键时刻雅塔莱斯和特鲁两位超级铠甲出现解救了控制所内的人质。拉姆达和符艾利用诡计潜出被D卫队包围的控制所，准备危害城市。端木、青山（曾祥程 饰）、阔海（李欣泽 饰）、柯胜（朱佳琦 饰）分别召唤雅塔莱斯、特鲁、拿瓦、茨纳米、驮拏多、酷雷伏铠甲，利用自然的力量对违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。不料，拉姆达与符艾却酝酿着另一个巨大的阴谋……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
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