以主人公安久为轴,描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类,借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题,终于迎来了和平的理想乡。然而,作为皇国第一皇女的安久丽莎,却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵,并被派遣到偏僻的岛屿上,同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”,共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是,少女的不屈物语就此开始了……
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际,已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时,与一股强大的新威胁正面交锋,这股威胁足以永远改变人类的命运。