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明末清初，各路英雄纷纷组织团体反清复明，其时势力最庞大的有洪门及天地会，洪门传人洪熙官（石修饰）与天地会首脑姚璘（关海山饰）经常密谋活动，而洪熙官身上更有着一块先朝遗下，可以号召反清义士的金牌。 一次，洪熙官与洪门各长老商议复明大计时，清兵突然杀至，清廷并有深谙邪术的赤冠仙（郭锋饰）与徒弟赤练甲（杨炎棠饰）相助，洪门长老均被杀，洪熙官则逃出，躲进民间机房中充作小工。 先后遇上方世玉（董玮饰）及胡惠乾（苗侨伟饰） 其时，熙官行藏被清廷侦破，清廷欲在熙官手上夺取那面金牌，熙官之金牌却被世玉抢去。翠花知赤练甲厉害，要世玉投少林寺，一来避难，二来可学技艺，世玉虽不愿意，碍于母命难为，只得与惠乾上路。 天地会首脑姚璘亦想得到熙官的金牌，因此遣女儿姚冷翠（欧阳佩珊饰）上少林，冷翠是个心高气傲的少女，她上少林时惹下不少麻烦，但是因为世玉对她一见倾心，竭力相助，冷翠得以被少林寺收留。 世玉对冷翠虽则追求甚力，但是因为冷翠目的在熙官手上的金牌，对熙官更为接近，世玉与熙官便因此不合。 一日，惠乾家人突来报讯，说乾父被机房中人打死，乾亟欲下山为父报仇，与世玉、熙官施计共同打出木人巷，至于熙官，由于冷翠突然离去，亦下山赴天地会寻她。 途中，熙官助同门师弟周俊（杨家诺饰）去拆方咏春（黄杏秀饰）的二字钳阳马，成功之后，不料咏春誓言非熙官不嫁。另一方面，姚璘见世玉一表人才，意图收为己用，劝冷翠与世玉周旋，由于世玉一片痴心，熙官见此，决定割爱，而与咏春结合。 清廷力量以达少林，少林寺在戒空和尚（江毅饰）一役中，被夷为平地。熙官、世玉与惠乾三人在经历患难后，尽释前嫌，共同连手对付赤冠仙。
本片描述了香港反黑组的组员惩治罪恶的英勇事迹以及他们个人感情经历的点点滴滴。人称“筋肉人”的反黑组探员阿喜（吴毅将 饰）立功无数、屡破奇案，但却因脾气倔犟，向来专横而和同事们诸多不顺。刚刚加入的康仔（陈浩民 饰）更是对阿喜诸多怨言，甚至想申请调组。后来一起办案多了，反黑组内部终于彼此了解，一团和气。反黑组内也有不少情事，一次上司阿凡（黎耀祥 饰）结识了卖鱼女阿娇，两人成了欢喜冤家；而阿弟（邵美琪 饰）更是一直暗恋阿喜，他们在工作上、感情上正经历着一次又一次的考验。
苏怡（胡杏儿 饰）患先天性心脏病，身为机师的丈夫亦琛（吴镇宇 饰）辞职后陪她到世界各地休养寻医，无奈病情逐渐加重，苏怡悄然离开了亦琛，她不愿心爱的人看见她死时的惨状。亦琛留在英国Manna（米雪 饰）处已两年之久，弟弟亦风（吴卓羲 饰）中间来过多次，他劝哥哥走出阴霾，投 入新的生活。亦琛痛定思痛决定重返工作岗位。亦琛加入到天颂航空skyIette，除了原先几张熟面孔，新同事中还有一流机师顾夏阳（张智霖 饰），由于见解相左，二人在工作中产生不少磨擦。夏晨（胡杏儿 饰）是名飞机修械员，由于长相酷似苏怡，亦琛把她当妹妹看待。而亦风对夏晨颇有好感，这令兄弟二人之间出现芥蒂......
