故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
五河士道（岛崎信长 配音）是一位平凡的高中生，一次偶然之中，他邂逅了名为十香（井上麻里奈 配音）的精灵。精灵是来自于异世界的物种，虽然有着足以迷惑人类的可爱外表，却亦拥有着能够毁灭世界的可怕能力。 然而，精灵有着一个十分巨大的弱点，那就是害怕被他人讨厌，因此只要同她们约会，就能轻易的击败这群强大的种族。而士道则恰恰拥有这一关系到人类命运的能力，于是，士道置自己的性命于危险之中，开始了和十香等精灵们的约会。与此同时，一群想要将精灵除之而后快的危险分子亦在暗中接近着士道，而精灵们的存在，使得一个关乎到世界存亡与否的秘密渐渐浮出水面。
在一个阳光明媚的日子里，五大国最强的火之国木叶村举行了运动会，据说获胜者将获得前往琉球度假的机会。漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和宇智波佐助（杉山纪彰 配音）组成一组，他们摩拳擦掌，志在必得。谁知就在比赛开始前，鸣人突然感到腹中疼痛，他连忙离开会场跑去厕所，而男厕所门口前居然排起了长龙，他没有办法只能硬憋着返回会场，如此折磨的情况下比赛效果自然好不到哪去。总算混下来第一场，鸣人再度跑去厕所，偏偏此时男厕在打扫卫生，鸣人走投无路，想溜进女厕所，关键时刻又被雏田叫住。 接二连三的磨难，鸣人能否赢得前往琉球的机会？
