工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.
科学家楚枫无意间获得了化作陨石落下的“金乌令”，为探究其起源，楚枫创造了超级电脑“启源”，在启源的帮助下，楚枫得知金乌令竟来自一个叫做武魂大陆的神秘世界，而楚枫也无意间激发金乌令的力量被传送到武魂大陆。在武魂大陆中，楚枫解救了苏氏三小姐苏曼青，却也因此与南宫、陆氏两族结怨。为此，楚枫一面迅速熟悉武魂大陆的武学，一面处处提防南宫家族的算计，度过了一次又一次的危机。但渐渐地，楚枫身怀金乌令的秘密被苏氏族长苏雨薇等人得知，引来各方势力的觊觎。在一次绝处逢生后，楚枫从苏曼青身上的金乌令中知晓“金乌九令”的神秘预言，而随着楚枫对金乌令的深入调查，幕后的黑手也逐渐露出水面，一个事关武魂大陆存亡的秘密正在被揭晓……
