大选终于结束了，选民已投下神圣的一票，连任的巴特勒执政团队在本季展开野心勃勃的第二个任期，巴特勒的执政团队自有一套议程及使命，但历史潮流却处处和他们作对。 许多事件都在这一季中浮上台面，山姆离开转向共和党争取国会席位，副总统闹出丑闻，非洲种族屠杀事件引发了干预他国内政的问题，更使得一向极为大胆的外交政策应运而生。一次令人匪夷所思的事件导致总统替补人选宣誓就任。
先天二年夏秋之交，天子虽已登基，但大长公主势力更盛，长安局势阴晴难定。卢凌风（杨旭文饰）和苏无名（杨志刚饰），奉命带着由裴喜君、费鸡师、樱桃和薛环组成的探案小队，以护送康国所献金桃的名义重返长安。繁华的长安，卢凌风复职雍州司法参军，苏无名则被授予一个特殊的官职，同时叫费鸡师出任酥山店掌柜，并将店铺设置成全长安的暗探情报中心。卢苏二人推出新政，开启环城探案模式，深入长安各坊，接触到了更广泛的百姓和民生，也借此避开了天子与大长公主的争斗。在历经康国的金桃、成佛寺的哭声、白泽的踪迹、食尾蛇、解忧店等多宗疑案后，最终长安的风云汇聚到事关朝堂的盛世马球案。卢凌风和苏无名，不得不直面这个刀光剑影的秋天以及各自的命运，并为此付出了沉重的代价。即使历经风雨，但他们终究在万年长安大观盛唐，护佑百姓的初心始终没有改变。
警员戴展硕（古天乐 饰）做事吊儿郎当，毫无责任感，使警犬Rocky十分鄙视，有灵性的Rocky故意处处刁难展硕。后来Rocky于一次行动中受重伤而不得再工作，展硕于心不忍，决定收养Rocky。 硕仔的邻居阿文（宣萱 饰）也是爱狗之人，却与展硕水火不容，阿文更认定是因为Rocky的关系让自己的爱犬东东失踪了。自来狗豆豆的出现慰藉了阿文的心灵。但Rocky与豆豆很快坠入了爱河，使身为主人的展硕与阿文十分头疼。阿文的好友子珊（郑秀文 饰）是展硕的房东，因为阿文的关系，与展硕之间的关系并不是很融洽。但在子珊失业失恋后，得到展硕的鼓励，两人不知不觉爱上了对方。 此间展硕的上司小敏（李珊珊 饰）对展硕也有了好感，令恋爱中的展硕十分苦恼。得知好友铁男（林晓峰 饰）喜欢小敏时，展硕极力鼓励铁男进行追求。 子珊是个事业心重的女孩，后来跟展硕分手了也是因为工作的原因。展硕在子珊离开香港进修后，与阿文共同研究宠物经验而日久生情。子珊学成归来，阿文无意中发现子珊对展硕余情未了，感觉自己抢了自己好友的男友，内心矛盾……
《槲寄生谋杀案》第二季继续讲述艾米丽·莱恩在弗莱彻林地调查新命案的故事，而她不为人知的过去持续影响着她与警探萨姆·威尔纳的关系。新案件涉及一名国际象棋教练的谋杀案，导致薇奥莱特的男友成为嫌疑人，与此同时，艾米丽也在努力理解萨姆与她过去之间更深层的关联。
前作的结尾中，以背对镜头、马尾辫的身影登场预告的速水，此次终于正式参战。在第二季中，以速水所属的关东最大极道组织“无双山一家”为中心，牵连上洛毛等“离散之月”，以及宿敌野江谷率领的“月晕组”，两方的对立从北九州扩大到席卷全日本的大规模抗争。与警方的对立愈发激化，甚至连神秘组织也开始暗中行动，事态发展成连死者不断出现的地狱般景象。无论是格斗场面还是枪战动作等，一切都全面升级，更加激烈的抗争场面亦是本作的看点之一。
