故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上,地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死,基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻,守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上,三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手,小心翼翼的保护好自己并且清理别人,为文明的存续而挣扎。
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等,不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力,实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此,他在别人面前封印了超能力,以不起眼、不和他人有所牵扯为信条,默默无闻地过日子。但不知为何,他的身边总是聚集着不可思议的人类(生物),风暴般的灾难接连不断地降临!