机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
魅灵侵袭，古神大陆的安宁将如何守护？ 本源之力，所得的生命之水遭八方觊觎…… 亲情与道义，安有两全抉择？ 被构陷结魔，该如何挣脱囹圄？ 林枫能否战胜魔尊分身，重塑魔尊封印，守护古神大陆安宁？
萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。家族百年之内最年轻的斗者！ 三年之前，这名声望达到巅峰的天才少年，却是突兀的接受到了有生以来最残酷的打击，他辛辛苦苦修炼十数载方才凝聚的斗之气旋，一夜之间，化为乌有。而且体内的斗之气，也是随着时间的流逝，诡异地变得越来越少导致其实力不断地后退。一夜间，沦落成了路人口中嘲笑的废物！ 种种打击接踵而至，就在他即将绝望的时候，一缕幽魂（药尘又作药老）从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！ 原来，竟是有一不死魂魄吸收他的斗气，在药老灵魂停止吸收斗气后萧炎终于天赋重展，（有药老帮助）连连突破，震惊全城。 萧炎重新成为家族年轻一辈中的最强斗者，然而他却不满足于此。 为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的实力…… 在魔兽山脉，他结识了小医仙（厄难毒体），结为好友，抵御妖兽和企图不轨的敌人。他面向的世界更加宽阔。后又在药老的教导下，成为加玛帝国黑岩城最年轻的二品炼药师，（现已是九品玄丹炼药宗师）。为着他的执着与信念闯荡大陆，向着大陆巅峰强者迈进。年仅29岁便晋级斗帝境界并自封炎帝， 30岁成为斗帝，号“炎帝”。 终于，在萧炎坚持不懈的努力和强大存在的帮助下，重新成为了家族年轻一辈的佼佼者，更游历了整个大陆，挑战无数强大而神秘的邪恶势力与大陆上无数传说中的无敌强者，成为大陆巅峰强者。
从古至今，人们惧怕黑暗。因为在人们心中，潜藏著名为“阴我”的负面意念，导致魔兽“骇魔”（Horror）得以利用入侵附身。而人类当中有一群人，手持钢铁利剑，一子单传，秘密守护人类不受“骇魔”侵略，他们被称之为“魔戒骑士”，生于黑暗，也隐于黑暗，世代与“骇魔”进行无止境的战争… 立志成为画家的御月薰，即将举行她首次的个展。但她却也梦见了童年时父亲所画的“黄金骑士”绘本，让她非常在意。虽然与心理咨询师龙崎驱音谈过之后，薰总算能安心迎接个展，但画廊老板却突然化为了异形怪物向她袭击。这时，在薰眼前出现了一名身穿白色大衣的神秘青年，并变身打倒了怪物。而他变身后的模样，正巧与绘本中所画的“黄金骑士”如出一辙……
