由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
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约四十年前,人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张,火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。 2014年,处于休战状态的地球与火星正在进行和平谈判。火星“薇瑟帝国“公主艾瑟依拉姆(雨宫天 配音)以亲善大使的身份访问地球,为打破坚冰做出努力。她的游行车却在日本新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击。火星帝国将其视为地球的宣战公告,随即对地球各国发出攻击,两个星球间的战火再次爆发。受过格斗技与人形战斗兵器训练的地球高中生界冢伊奈帆(花江夏树 配音)与伙伴们加入机甲骑兵战斗。与此同时,公主的侍从斯雷因(小野贤章 配音)亦卷入战争,为救出帝国公主而努力。