魔法师马雷（马文忠 饰）想要搅乱时光轮盘的运转，毁灭地球，却在千钧一发之际受到了一位神秘时光卫士的阻挠，尽管马雷的阴谋暂时没有得逞，但地球依旧运转在危机的阴影之下。 为了保卫世界的和平，傻妞（舒畅 饰）找到了男孩陆冬雨（曹骏 饰），将他带回现代，只有他才能够阻止马雷的阴谋，而巧合的是，陆冬雨一直在寻找的母亲正是那名神秘的时光卫士。谁知道马雷知晓了傻妞的计划，偷偷尾随，想要借他们两人之手找到时光卫士将其杀死，与此同时，陆冬雨的父亲陆小千（李滨 饰）亦被卷入了这场纷争之中，他必须在时限之内恢复傻妞被破坏的系统，才能真正阻止马雷的阴谋。
故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
和图可（雷蒙德·克鲁兹 Raymond Cruz 饰）之间的冲突让沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）与杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）明白了毒品行业之中的危险与血腥，而图可的死亡亦让“师徒”二人失去了唯一的出货渠道，霎时间，沃尔特陷入了手中有货却无销路的窘境之中。杰西决定通过自己的朋友们来扩展销售渠道，虽然短时间内收获颇丰，但接踵而至的意外让杰西明白，这并非长远之举。沃尔特和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系开始变得越来越紧张，而沃尔特癌症的好转为两人的感情带来了一丝希望。杰西遇见了名为简（克里斯滕·丽特 Krysten Ritter 饰）的女房东，两人情愫渐生，可是，简曾经也是一位“瘾君子”，和杰西在一起，她的命运又会何去何从呢？
