月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
1999年,由于数码世界资料异常增生,导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象:东南亚没有下雨,池塘全部干涸;中东却因为连场大雨发生洪水;美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一(藤田淑子 配音),和伙伴石田大和(风间勇刀 配音)、武之内空(水谷优子 配音)、泉光子郎(天神有海 配音)、太刀川美美(前田爱 配音)、城户丈(菊池正美 配音)、高石武(小西寛子 配音)一起参加了夏令营,一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里,他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后,八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽,眼看大家都要被抓住的时候,太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽,拯救了他们。进化到底是怎么回事情?数码世界究竟是什么?无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前,精彩的冒险就这样开始了……
2011年,从一个约定开始。2017年,这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行,这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机,矛盾重重,生死一线,麦当一行能否突出重围?