在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
一名因兴趣开始当英雄的男子埼玉。 经过三年苦练，他获得了无敌的力量，能一拳击败任何敌人。 偶然收下弟子杰诺斯后，两人一同加入职业英雄组织英雄协会，每日展开活动。某日，自称怪人协会的怪人突然出现，掳走了协会干部的子女作为人质。 英雄协会召集S级英雄，策划潜入怪人协会基地的救援行动。而在英雄与怪人激战正酣时，被掳至怪人基地的人类怪人饿狼，缓缓睁开了双眼！
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
