女王曼多拉统治着叶罗丽仙境，因为人类大肆的破坏自然环境，使其严重影响到了仙境的存亡与仙子的安危。曼多拉仙子认为人类都是自私自利爱破坏，不相信人类会自觉变好保护环境，所以想统治人类世界，将人类变成她的奴隶，重新治理被人类严重破坏的掉的自然环境。而辛灵仙子则认为人类会自己觉悟拯救环境，所以带领着勇敢的叶罗丽战士，与曼多拉仙子作斗争。
进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
继火祀集团的青龙社长被火车残忍轧成两段之后，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）受好友井泽研太郎（内山昂辉 配音）之托来到火祀家位于轻井泽的葡萄之馆，并见证了社长两名养子九曜（宫野真守 配音）和晓（及川以造 配音）的死亡。神秘的黑魔法以及带有诅咒和 预言气息魔法人偶，令这座公关被死亡的恐怖气息笼罩。人人自危，不知谁是下一个牺牲者。但是经过缜密的推理与调查，金田一终于逼近事实真相。他在众人面前指认凶手，结果令在场的每一个人出乎意料…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
