在第二季中,菲灵选择牺牲使女王计划失败,女王将菲灵关入镜空间。齐娜能救回菲灵,回归以前快乐的日子吗?失去仙力的齐娜还能重拾信心吗?分别关在两个镜空间的黑香菱和封银沙,还会再见面吗?封银沙还会回到人类世界吗?建鹏和亮彩能恢复仙力吗?被女王夺走记忆变成铁希的铁皮又会怎样呢?而成为铁希主人获得叶罗丽魔法的文茜又会想出什么坏招数对付王默?回到仙境的水王子还会帮助女王吗?计划失败了的女王曼多拉是会就此放弃?还是会想出新的计划?叶罗丽仙子和叶罗丽战士们还将迎来什么新挑战?请期待叶罗丽第三季的播出。
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……