传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 曾经的战场——高达模型联网对战（GBN）在经过版本升级后，加入了感觉反馈功能，代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风，而是怀揣各自想法进入这一世界。 悠人是个扮演着佣兵，独自徘徊于次元世界空间的潜行者。 风见孤傲轻佻，梦想受众人崇拜，穿梭在不同团队。 芽依从早到晚进行高达模型对战，是个浑身散发神秘气息的独行侠。 孤独的新人帕维兹对合作玩法深感兴趣，却因为内向至今未能得偿所愿。 这些原本孤独的玩家，却因为某个契机，组成另一支「创形者」了。等待着悠人他们的，是超越GBN的无极限超体验。
进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
