在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外,还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际,他们决定要攻进帕拉迪岛,把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
4000年前,出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离,两人结伴游荡荒原,入商队、遭异兽、遇天劫,属于少年的冒险正在展开。在他们的身后,王朝交替、山雨欲来,夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动,那些天赋异禀的少年,早已身在局中。
艾伦为了毁灭世界,发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻,摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克,以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦,展开了最后的战斗。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。