电视动画《新妹魔王的契约者》改编自上栖缀人原作、大熊猫介负责插画的同名轻小说。“你曾说过想要妹妹对吧”，向高中生东城刃更宣布再婚的父亲，带了两个成为他继妹的女孩回家同住，结果自己却跑到国外出差。澪与万理亚两名少女在父亲离开以后，态度一百八十度大转变，还打算征服刃更。想不到两人的真正身分，分别是新科魔王与梦魔。但是在跟刃更缔结主从契约的时候，居然出槌变成逆契约，刃更反而变成主人了。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
茶居屋里、代官的儿子和随从正在欺负客人，这时候进来一位全身充满野兽气息的流浪武士。在茶居屋工作的风被故意拌倒、茶泼到随从的身上，代官儿子正要砍掉风的手指的时候被无幻救下。另一方面、仁看不惯代官恶意欺压乡民，教训了代官一顿。其后仁在茶居屋碰到正在教训代官儿子的无幻，被无幻当作代官的手下高手而对打了起来。在一阵激烈的打斗后两人不分上下，这时茶居屋被人放火、无幻和仁在火中继续打斗直到失去意识。 两人醒来的时候、已经被代官抓住，两人被施加酷刑并定在次日被斩首。晚上风想办法去救他们，但是由於钥匙被不小心弄断了而失败。第二天行刑时、无幻和仁挣脱捆绑杀了代官，但是在重重包围下渐渐体力不支。风适时的利用烟火成功帮助两人逃脱。 刚逃出重围的无幻和仁准备分个高低但被风阻止。在投硬币后无幻和仁不得不陪风去寻找“有向日葵味道的武士”，三人的旅程至此开始。
