千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
