从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立,巨大显示屏中播放出影像,连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村,但一般民众也增多,忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖,第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人,进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人,但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过! 慕留人与新的伙伴相遇,他将如何挑战突然发生的神秘事件? 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语,现在开始!!