一年前，北方小城晨苍发生了一起仇杀案，凶手秦虹潜逃；一年后，警方在南方“发现”秦虹时，秦虹已被男友马伟成抛尸大海，尸骨无存。这是一起人证、物证俱全，凶手甚至已经交代犯罪事实的案件，但消失无踪的尸体让主管刑警刘望惴惴不安，不经疑问“秦虹真的死了吗？”
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云飞扬（顾冠忠饰）击毙独孤无敌后归隐，但江湖并未从此平静。白莲教、南宫世家两股势力遭到邪魔的控制，危害武林。 在少林疗伤的云飞扬为少林解困，大破不老神仙的“七刹琴音”后，旧伤未愈，有添加新伤，命不久矣，断然拒绝傅香君（余安安饰），香君无奈之下只好暂时忘却心爱之人，转而与安乐侯徐庭封（白彪饰）并肩作战。安乐侯徐庭封虽深得昆仑派真传，但需要分心于朝廷事务，帮助正德帝（万梓良饰）对付刘瑾、宁王等势力。 在陆丹（罗乐林饰）、小子（梁小龙饰）的帮助下，徐庭封为皇帝铲除异己。然而，天地人三尊不仅将江湖弄得乌烟瘴气，甚至将势力渗透进宫廷，威胁到皇帝的性命。云飞扬旧伤未愈，再次出手，传授小子武功，并将徐庭封的武功和天蚕功融合在一起，形成了天龙九式，因之后还有变化招式，故取名天龙诀。他与徐庭封等人对决白莲教，不幸惊见白莲教三尊手下“粉罗刹”竟然就是失去记忆的妹妹独孤凤（苗可秀饰），心烦意乱下，遭三尊暗算而死。徐庭封与小子联手，以“天龙九式”和“七刹琴音”击杀三尊。 傅香君与徐庭封在经历同甘共苦后渐生情愫。后来，香君终于接受了庭封的爱意，但他因遭皇帝猜忌，赐下毒酒，在爱人怀里猝然而逝；这经典的一幕，伴随“残梦”一曲，当时曾脍炙人口。
苏怡（胡杏儿 饰）患先天性心脏病，身为机师的丈夫亦琛（吴镇宇 饰）辞职后陪她到世界各地休养寻医，无奈病情逐渐加重，苏怡悄然离开了亦琛，她不愿心爱的人看见她死时的惨状。亦琛留在英国Manna（米雪 饰）处已两年之久，弟弟亦风（吴卓羲 饰）中间来过多次，他劝哥哥走出阴霾，投 入新的生活。亦琛痛定思痛决定重返工作岗位。亦琛加入到天颂航空skyIette，除了原先几张熟面孔，新同事中还有一流机师顾夏阳（张智霖 饰），由于见解相左，二人在工作中产生不少磨擦。夏晨（胡杏儿 饰）是名飞机修械员，由于长相酷似苏怡，亦琛把她当妹妹看待。而亦风对夏晨颇有好感，这令兄弟二人之间出现芥蒂......
