伝説の魔城ラダン。全てを闇と化すその強大な力の前に、 相反する力を操る陽の魔戒法師と陰の魔戒法師が力を合わせ、 多くの犠牲を払いながらもその封印に成功したという。 時は流れ、ラダンの脅威はおろか、存在を覚えている者すら皆無となっていた。 ラインシティでの激闘を乗り越えた道外流牙と莉杏は、今宵もホラーを狩り続けていた。 守りし者として、人々の幸せのために。 より強くなった絆と、磨き上げられたコンビネーションで、ホラー・ヘルツバイを圧倒する2人。 その頃、ラダンの封印されている祠に歩み寄る初老の魔戒法師ゲン。 その背後に佇む謎の青年ジンガと、謎の美女アミリ。 ゲンが法剣を引き抜くと、法剣は赤ノ短剣と青ノ短剣に分離して飛び去ってしまう。 そして現れる黒い水晶の様な物体。 それこそがラダンであり、その表面に刻まれる数字は、真の覚醒へのカウントダウンだった。 ヘルツバイの魔の手から女性ユキを救った流牙と莉杏は、その夜空に赤い流星を見る。 それは飛び去った赤ノ短剣だった。 リュメの緊急召集により赤ノ短剣と青ノ短剣を探し出し、 再びラダンを封印する使命を受けた流牙と莉杏は、新たな戦いへと旅立つ。 時を同じくして、ラダンの封印が解かれるのを待っていたかの様に立ち上がる魔戒法師がいた。 その名はガルド。彼もまた短剣を探すべく、魔導具のハルナと共に行動を開始する。 果たしてラダンは甦ってしまうのか？ ガルドの真意とは？ ジンガとアミリの野望、その正体は何か？ 闇を照らす光となれ、道外流牙！ 辛く悲しい決断を乗り越えろ、莉杏！ 全ての陰我を断ち斬れ、黄金騎士ガロ翔！ 吹き荒れろ、金色の嵐！
堀江青（和气杏未 配音）表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生，实际上，她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家，这让青感到非常的自卑，并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望，就是能够摆脱父亲的存在，开始独自一人的生活，为此，她非常努力的用工念书，希望能够考上理想的大学。 让青没有想到的是，班上的风云人物，和自己八竿子都打不到一起的木岛（寺岛惇太 配音）竟然和自己告白了，虽然处于本能，青拒绝了木岛，但是实际上，她对木岛的存在非常的在意。恋爱还没有开始，青的脑海里就已经充满了桃红色的幻想，这样下去，她人生的第一次恋爱能够成功吗？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
