故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
因为宫中迎来美丽多情的回族公主香妃（刘丹），乾隆（张铁林）心情大好，然而他却没本事将这种好心情传递，并非自愿入宫的香妃一心惦念的只是之前的恋人。香妃的不幸遭遇引起小燕子的极大同情，在福尔康（周杰）、紫薇（林心如）等人的帮助下，小燕子想出妙计令香妃成功逃出宫，却因 此为她和紫薇招致杀身之祸。 萧剑（朱宏嘉）、柳青（陆诗雨）等人勇劫法场将小燕子与紫薇救出，与福尔康、永琪（苏有朋）等人作过会合后开始了集体大逃亡。而宫内，乾隆和皇后各怀心机，小燕子等人的命运变得扑朔迷离。
腐朽僵化的清王朝，科举考试形同儿戏，官场同年勾结营党，庙堂之上难以找到几个敢为天下先，愿为黎首请命的好官。家住绍兴府的方敬斋（陈道明 饰）自幼饱读诗书，出口成章，而忠义清廉的狷介性格也使得他不愿和官场权贵沆瀣一气，为保一身清白不惜撞得头破血流。无奈造物弄人，方与偶然结识的书生董瑞（方子哥 饰）一同上京赶考，谁知满腹经纶偏偏明珠暗投，反倒是颟顸庸碌的董瑞榜上有名。在此之后，方敬斋当起了董瑞的师爷，帮助好友出谋划策。 只是在如酱缸一般的官场，他和好友渐行渐远，方敬斋所走的路必然是清冷而孤独的一条……
